logo

Nieuwsbrief

De vereniging voor iedereen in Nederland die bezig is met of geinteresseerd is in Grid computing

Nummer februari 2016
Cursussen en evenementen
9 maart 2016 - Open e-IRG Workshop in Amsterdam ⇒
De registratie is nu open voor de volgende Open e-IRG Workshop over de "Voortgang van de e-Infrastructuur Commons: integratie en interoperabiliteit - financiering en modellen voor inkomsten". De workshop vindt plaats op 9 maart aan het Amsterdam Science Park. In deze workshop wil e-IRG de vooruitgang evalueren van de e-Infrastructuur Commons: Wat is er tot dusver bereikt? Wat werd er niet gerealiseerd, en waarom niet? Wat zijn de technische, financiele, politieke, en culturele blokkades? Hoe kunnen we van elkaar leren? De sprekers zullen hun inzichten delen over de ontwikkelingen aan de vraagzijde, de rol van de markt in samenspel met de nationale e-infrastructuur aanbieders, en de mechanismes voor subsidie. Als sprekers werden uitgenodigd de voormalige vice president van Microsoft Research Connections Tony Hey, NCSA directeur Ed Seidel, ESFRI ondervoorzitter Giorgio Rossi en Barend Mos, voorzitter van de High Level Expert Groep van de Europese Commissie voor de Europese Open Science Cloud. Zij zullen het hebben over het internationale e-infrastructuur landschap, de trends en de richting voor de toekomst.
10 maart 2016 - Presentatie van de ESFRI Roadmap 2016 in Amsterdam ⇒
Op 10 maart a.s. presenteert het European Strategy Forum on Research Infrastructures (ESFRI) de ESFRI Roadmap 2016 voor grootschalige onderzoeksfaciliteiten tijdens een eendaagse conferentie in het Trippenhuis van de KNAW in Amsterdam. De conferentie wordt live gestreamd op internet. Het ESFRI brengt onderzoeksfaciliteiten van pan-Europees belang in kaart op alle wetenschappelijke vakgebieden die aansluiten bij de langetermijnbehoeften van de Europese onderzoeksgemeenschap De publicatie van regelmatig herziene ESFRI Roadmaps - de eerste roadmap werd gepubliceerd in 2006 - biedt de Raad van de Europese Unie een coherente en strategische visie. Dit is belangrijk om ervoor te zorgen dat Europa beschikt over hoogwaardige onderzoeksfaciliteiten die toegankelijk zijn voor alle toponderzoekers, zodat de wetenschappelijke wereld zijn potentieel optimaal kan benutten.
4-5 april 2016 - Open Science Conferentie in Amsterdam ⇒
Tijdens deze conferentie die plaatsvindt onder het Europese Voorzitterschap van Nederland bij het Marine Etablissement Amsterdam kunnen lidstaten en belanghebbenden van gedachten wisselen met betrekking tot de overgang naar Open Science. Tevens wordt het Open Science Beleidsplatform gelanceerd en wordt er een gezamenlijke agenda voor acties opgesteld. Het deelnemersveld bestaat uit politici en beleidsmakers, en Europese belanghebbenden, zoals onderzoekers, uitgevers, vertegenwoordigers van universiteiten en onderzoeksinstellingen, alsmede organisaties en bedrijven die onderzoek ondersteunen. Op 4 april verwelkomt Staatssecretaris voor Onderwijs, Cultuur en Wetenschap Sander Dekker de deelnemers. Europees Commissaris Carlos Moedas en andere sprekers zullen hun visie schetsen over het belang van Open Science voor Europa en de kansen die dit biedt. Belanghebbenden en gebruikers van wetenschappelijk onderzoek, alsmede onderzoekers zullen van ideeen wisselen. Op 5 april ligt de focus op het samenstellen van een agenda met specifieke actiethema's. Ook jonge onderzoekers komen dan aan het woord.
6-8 april 2016 - EGI Conferentie 2016 in Amsterdam ⇒
De EGI Conferentie 2016 heeft dit jaar als thema "Het opengooien van de wetenschap in Europa en wereldwijd". De conferentie vindt plaats tussen 6 en 8 april 2016 aan het Science Park in Amsterdam. Deze editie zal onderzoeksgemeenschappen, NGIs en EIROs, en samenwerkende e-Infrastructuren in de kijker plaatsen als belangrijke spelers in het aanbieden van digitale diensten voor wetenschap over de grenzen heen. Deelnemers zullen ontdekken hoe diensten zoals geavanceerde computing, opslag, gegevensbeheer en AAI - als ze interoperabel zijn en geintegreerd met specifieke diensten voor de gemeenschap zoals gegevensreeksen, software en instrumenten, oplossingen met meerwaarde kunnen opleveren voor de onderzoekssamenwerkingsverbanden van gelijk welke schaal, van long tail initiatieven in de wetenschap tot internationale onderzoeksprojecten. U kunt zich tot en met 1 april inschrijven voor deze conferentie.
10-12 mei 2016 - PRACEdays16 in Praag, Tsjechische Republiek ⇒
PRACEdays16 zal plaatsvinden tussen 10 en 12 mei 2016 in Praag, Tsjechische Republiek. De registratie werd op 15 februari 2016 geopend en sluit af op 29 april 2016. Een speciale hotelprijs in Orea Pyramida Hotel waar ook de conferentie wordt gehouden is beschikbaar tot en met 10 maart 2016. Voor de conferentie zelf betaalt elke deelnemer 60 euro. Het PRACEdays16 programma volgt de traditionele weg zoals voor de edities van 2014 en 2015. Het bestaat uit internationale keynote presentaties van wetenschappers van topniveau en onderzoekers uit de academische wereld en het bedrijfsleven, onder wie Sharon Broude Geva, Directeur van Advanced Research Computing (ARC) aan de Universiteit van Michigan, Verenigde Staten; Christoph Guembel, Directeur Virtual Vehicle bij Porsch AG in Duitsland; en Martin Winter van de European Chemical Industry Council. Op 11 mei krijgen 12 wetenschappers en 6 industriele onderzoekers de kans in 18 parallelle sessies om hun werk voor te stellen en in gesprek te gaan met het publiek. Op de laatste dag vindt er een afsluitend panel plaats dat gemodereerd wordt door Tom Wilkie van Scientific Computing World. Een postersessie en een cocktail receptie, een Open Sessie van het PRACE User Forum, een netwerkdiner, en verschillende prijsuitreikingen zullen dit driedaagse event vervolledigen.
17-28 juli 2016 - 2016 CSCS-USI Zomerschool in Ticino, Zwitserland ⇒
Het Nationale Supercomputing Center in Zwitserland (CSCS) organiseert de CSCS-USI 2016 Zomerschool met als thema "Effective High Performance Computing" die plaatsvindt van 17 tot en met 28 juli 2016 in Hotel Serpiano in Ticino, Zwitserland. De Zomerschool gaat over de effectieve exploitatie van HPC systemen. Traditionele parallelle programmeerbenaderingen gebaseerd op het message-passing paradigma volstaan niet langer om deze taak te vervullen en innoverende oplossingen dienen gezocht te worden. Tijdens de twee weken van de zomerschool worden een aantal van die oplossingen voorgesteld. De MPI, OpenMP, CUDA, OpenACC programmeermodellen worden geintroduceerd, samen met wetenschappelijke bibliotheken en efficiente I/O oplossingen. Hun effectief gecombineerd gebruik om een ideale exploitatie te bereiken van grote hybride architecturen, zal besproken worden. Er wordt geexperimenteerd met extensieve praktische en oefensessies om het theoretische materiaal te toetsen. Master en Ph.D studenten kunnen zich kandidaat stellen voor deze zomerschool tot en met 11 april 2016.
Ledennieuws
Vereniging Gridforum Nederland houdt ermee op ⇒
Op 11 december 2003 werd de Vereniging Gridforum Nederland in Amsterdam opgericht onder het voorzitterschap van Cees de Laat, Hoogleraar Universiteit van Amsterdam. De fakkel van het verspreiden van kennis over gedistribueerde computing en grids is reeds sinds enkele jaren overgenomen door andere organisaties, zoals in Nederland, SURF, SURFsara, SURFnet en het eScienceCenter; in Europa, door EGI.eu; en wereldwijd door het Open Grid Forum. Het Bestuur heeft daarom enkele jaren geleden besloten geen ledenactiviteiten meer te ontplooien en derhalve geen lidmaatschapsbijdrage meer te heffen. Het opgebouwde vermogen werd besteed aan de verspreiding van de maandelijkse nieuwsbrief. Ook hieraan komt nu spoedig een einde. De laatste nieuwsbrief van de Vereniging Gridforum Nederland zal verschijnen in juni 2016. Graag danken wij al onze lezers voor hun belangstelling en voor het in ons gestelde vertrouwen. Voor meer informatie over de Vereniging en het archief van de nieuwsbrief kunt u nog steeds terecht op de website van Gridforum.nl.
Innovatieve ideeen welkom voor de Amsterdam Science & Innovation Award 2016 ⇒
U kunt kans maken op 10.000 euro met een innovatief idee met commerciele en maatschappelijke relevantie. Onderzoekers, medewerkers en studenten van de Amsterdamse universiteiten en hogescholen, academische ziekenhuizen en publieke onderzoekscentra kunnen meedingen naar de Amsterdam Science & Innovation Award 2016. Deelname aan de Amsterdam Science & Innovation Award is een uitstekende gelegenheid om een idee verder uit te werken en de impact ervan te onderzoeken. De jury, onder voorzitterschap van Alexander Rinnooy Kan, selecteert tien finalisten op basis van innovativiteit, uitvoerbaarheid en vervulling van een marktbehoefte. De finalisten krijgen ter voorbereiding op de finale een professionele pitchtraining en ondersteuning van de business developers van Innovation Exchange Amsterdam (IXA). Ook bestaat de mogelijkheid om, tijdens het Science meets Business programma, in contact te komen met bedrijven en organisaties uit de publieke sector. Dit is een nieuw programma onderdeel van de Innovation Award. U kunt uw voorstel indienen tot en met 11 maart 2016. De prijs wordt feestelijk uitgereikt op 26 mei 2016.
Spelen met systemen tijdens workshop op HPC Cloud ⇒
Tijdens een workshop over translationele onderzoeksinfrastructuren - infrastructuur voor een efficiente vertaling van medische onderzoeksresultaten naar praktische toepassingen - werd de HPC Cloud van SURFsara gebruikt om elke deelnemer toegang te bieden tot zijn eigen virtuele machine en flexibel te zijn ten aanzien van het aantal deelnemers. Het hebben van hun eigen virtuele machine gaf de deelnemers volledige vrijheid om met de systemen te spelen. Door de machines op de HPC Cloud te laten draaien konden de workshopleiders veeleisende tutorials maken wat betreft geheugen en CPU-gebruik. De workshop werd gezamenlijk georganiseerd door Stefan Klein van Euro-Bioimaging, Erasmus MC; Morris Swertz van BBMRI, UMCG; en Freek de Bruijn van EATRIS, VUmc en NKI, tijdens het BioMedBridges symposium 'Open bridges for life science data' op 17-18 november 2015 in Hinxton, Verenigd Koninkrijk. De bijeenkomst bood een hands-on kennismaking met de IT-infrastructuur voor translationeel biomedisch onderzoek, waaronder de 'bruggen' - gedeelde e-infrastructuur - die gezamenlijk zijn gebouwd binnen het BioMedBridges project. Deze bruggen stellen medische onderzoekers in staat imaging-, moleculaire en klinische data te delen, gebruiken, beheren en combineren, inclusief biosamples: het doorzoeken van biobanken om monsters en gerelateerde gegevens te vinden die relevant zijn voor hun onderzoek.
Betere doorvoersnelheid sensornetwerken met wiskunde ⇒
Promovendus Martijn Onderwater van CWI en VU optimaliseerde met wiskundige technieken de doorvoersnelheid in ZigBee sensornetwerken. Dit is belangrijk omdat er steeds meer sensoren komen en de netwerken voller worden. Daarnaast combineerde hij beslismodellen voor onzekere omstandigheden met technieken uit de kunstmatige intelligentie. Dit resulteerde in een veelbelovende nieuwe techniek, waardoor sensornetwerken kunnen bijdragen aan betere beslissingen, zoals het kiezen van de beste nooduitgang. De onderzoeker van het het Centrum Wiskunde & Informatica (CWI) promoveerde op 8 februari 2016 aan de Vrije Universiteit op zijn proefschrift 'Network of Sensors - Operations and Control'.
Vici-subsidies voor baanbrekend kwantumonderzoek en ander natuurkundig onderzoek ⇒
32 wetenschappers ontvangen een Vici-beurs van anderhalf miljoen euro van NWO. De financiering is bedoeld om de komende 5 jaar onderzoek te doen en een eigen onderzoeksgroep op te bouwen. Vici is een van de grootste persoonsgebonden wetenschappelijke premies van Nederland en is onderdeel van de Vernieuwingsimpuls van NWO. De Vici-beurzen worden door NWO wetenschapsbreed toegekend. De laureaten doen onder andere onderzoek naar de evolutie van sterren, het schizofrene gedrag van elektronen, naar leptonen, naar een computationele Ideeengeschiedenis, naar herhaling in complexe stelsels van niet lineaire vergelijkingen om te komen tot efficientere data-analyse, naar Internetten met kwantummechanica zodat afluisteren onmogelijk wordt, en naar hoe men van neutronenster naar kwantumcomputer komt. Binnen Vici zijn onderzoekers vrij om hun eigen onderzoeksproject voor te dragen voor financiering. Voor de ronde van 2015 dienden bij de vooraanmelding in totaal 215 wetenschappers een voorstel in. 122 aanvragers hebben een uitgebreide aanvraag ingediend. Daarvan zijn er nu 32 toegewezen, wat neerkomt op een toekenningspercentage van ongeveer 15 procent. Het toekenningspercentage onder de vrouwen is 17%, onder de mannen is dat 14%.
eScience Center treedt toe tot OpenDA Associatie ⇒
Een van de doelstellingen van het eScience Center is om actief bij te dragen tot het hergebruik van wetenschappelijke software en dit ook te promoten. Daarom is het eScience Center nu toegetreden tot de OpenDA associatie. OpenDA is een open interface standaard voor en de vrije toepassing van een reeks tools om gegevensassimilatie en calibratie voor arbitraire numerische modellen snel uit te voeren. OpenDA wil het gebruik van gegevensassimilatie en calibratie stimuleren door de kosten van uitvoering te verminderen en de uitwisseling van software tussen onderzoekers en eindgebruikers te verhogen. Met deelnemers van universiteiten, onderzoeksinstituten en bedrijven die met dezelfde tools werken, kunnen nieuwe ontwikkelingen snel overgebracht worden van onderzoek naar toepassing. Enkele van de OpenDA toepassingen zijn het traceren van wolken van vulkaanuitbarstingen, het verbeteren van de accuratesse om overstromingen van rivieren en kustgebieden te voorspellen, en het verbeteren van grondwater voorspellingen. Bij het eScience Center gebruikt men OpenDA als deel van het eWaterCycle project waarvoor de onderzoekers een wereldwijd hydrologisch waarschuwingssysteem hebben ontworpen. Het eScience Center vervoegt stichtende OpenDA leden VORTech, Deltares en TU Delft, alsmede andere nieuwe leden zoals DHI en TNO. Met deze nieuwe leden groeit de associatie nu snel aan tot 6 leden. Dit betekent een belangrijke simulans voor het verbreden van de doelstellingen van OpenDA. Men hoopt dat OpenDA gebruikt gaat worden in nieuwe domeinen en projecten in de nabije toekomst.
SURFnet neemt eerste internationale terabitverbinding in productie ⇒
Op 21 januari heeft SURFnet voor het eerst een internationale netwerklink met een capaciteit van meer dan 1 terabit per seconde in productie genomen. Dit is een mijlpaal, omdat bij snelheden hoger dat 1 Tbit/s het gedrag van glasvezel en optische versterkers nog kritischer wordt. Op deze Cross Border Fiber tussen Amsterdam en Hamburg transporteert SURFnet nu data met een maximale capaciteit van 1,06 terabit per seconde. Naast de capaciteit voor SURFnet zelf, is een groot deel van deze capaciteit geimplementeerd met het Alien wave-concept. Hiermee kunnen de glasvezelkabel en de optische systemen gedeeld worden met het Europese onderwijs- en onderzoeksnetwerk GEANT en de netwerken van NORDUnet in Scandinavie en PSNC in Polen. De glasvezelkabel heeft een lengte van 644 kilometer en is in Amsterdam gekoppeld aan het SURFnet-netwerk, maar ook met 2 andere Cross Border Fibers naar Geneve en Londen.
Huib Bakker nieuwe directeur FOM-instituut AMOLF ⇒
Prof.dr. Huib Bakker is per 1 februari 2016 benoemd tot directeur van FOM-instituut AMOLF. Hij volgt AMOLF-directeur Vinod Subramaniam op, die sinds september 2015 rector magnificus van de Vrije Universiteit Amsterdam is. Bakker was vanaf 1 september 2015 al interim-directeur en kent AMOLF goed: hij is er gepromoveerd en is sinds 2003 hoofd van de afdeling moleculaire nanofysica. Hij is een fysicus met een brede, multidisciplinaire blik en werkt veel samen met bedrijven. Bakker is hoogleraar aan de UvA en sinds 2015 lid van de KNAW. Huib Bakker (1965) is wereldwijd bekend als expert in het onderzoek van de eigenschappen van water in wisselwerking met ionen, (bio)moleculen, en oppervlakken. Deze interacties spelen een cruciale rol in vele biologische en chemische systemen, bijvoorbeeld in de vouwing van eiwitten en in het transport van ionen langs en door membranen. Bakker ontwikkelde speciale niet-lineaire spectroscopische technieken waarmee het mogelijk is om de beweging en structuur van water in dit soort complexe systemen te bepalen. De nieuwe inzichten die hij daarmee verkreeg vinden toepassingen in de voedingsindustrie, energieopslag en waterzuivering.
Zwaartekrachtsgolven gedetecteerd 100 jaar na Einsteins voorspelling ⇒
Wetenschappers hebben voor het eerst rimpelingen in de ruimtetijd, zogeheten zwaartekrachtsgolven, waargenomen. Deze zwaartekrachtsgolven arriveerden op aarde afkomstig van een extreem heftige gebeurtenis in het heelal. Deze eerste meting van zwaartekrachtsgolven bevestigt een belangrijke voorspelling van Albert Einsteins algemene relativiteitstheorie uit 1915 en opent een nieuw venster op de kosmos. Zwaartekrachtsgolven bevatten informatie over hun turbulente oorsprong en over de aard van zwaartekracht, die op geen andere manier kan worden verkregen. Natuurkundigen hebben geconcludeerd dat de gedetecteerde zwaartekrachtsgolven zijn ontstaan in de laatste fractie van een seconde van de samensmelting van twee zwarte gaten, waardoor 1 enkel, zwaarder, tollend zwart gat ontstond. De samensmelting van twee zwarte gaten was tot nu toe alleen voorspeld, maar nooit waargenomen. De zwaartekrachtsgolven zijn op 14 september 2015 om 10.51 uur Nederlandse tijd gedetecteerd door beide Laser Interferometer Gravitational-wave Observatory (LIGO) detectoren, in Livingston, Louisiana en Hanford, Washington in de Verenigde Staten. De LIGO-observatoria worden gefinancierd door de Amerikaanse National Science Foundation (NSF). Ze zijn ontworpen en gebouwd en worden gerund door Caltech en MIT. Nederlandse wetenschappers zijn nauw betrokken bij deze baanbrekende ontdekking. Als leden van de 'LIGO Scientific Collaboration - Virgo Collaboration' (LVC) hebben natuurkundigen van het Nationaal instituut voor subatomaire fysica (Nikhef) en de Vrije Universiteit Amsterdam, en sterrenkundigen van de Radboud Universiteit cruciale bijdragen geleverd aan de validatie van de meting, de data-analyse van deze zwaartekrachtsgolven, en meegewerkt aan de astrofysische interpretatie.
3D-Archeologie in Rome voorgesteld op het Eureka! Festival ⇒
Op 29 november 2015 presenteerden archeologen van de Radboud Universiteit Nijmegen en onderzoekers van het Spatial Information Laboratory (SPINlab) van de Vrije Universiteit Amsterdam, samen met medewerkers van Fugro GeoServices en informatici van het Netherlands eScience Center het GIS voor het Mapping the Via Appia-project op het Eureka! Festival. Het evenement werd georganiseerd ter ere van de presentatie van de Nationale Wetenschapsagenda en was bedoeld om het Nederlandse publiek kennis te laten maken met lopend wetenschappelijk onderzoek. Het festival vond plaats in de Westergasfabriek te Amsterdam en trok ongeveer tweeduizend bezoekers. In een samenwerking tussen archeologen, geodeten en informatici is een onderzoeksinstrument ontwikkeld dat de archeologen in staat stelt hun onderzoeksgebied - een deel van de vijfde en de zesde mijl vanaf het centrum van Rome - in een virtuele 3D-omgeving (GIS) te analyseren. De Via Appia, ook wel bekend als de koningin der wegen of eerste "snelweg" van Europa, stamt uit de vierde eeuw voor Christus en gold in de oudheid als de belangrijkste weg vanaf Rome richting Zuid-Italie. In de Romeinse tijd was het gebruikelijk de doden buiten de stad, langs de uitvalswegen, te begraven. Aangezien Rome lang het centrum van de antieke wereld is geweest en de Via Appia dus een van de belangrijkste wegen was, hebben we te maken met een archeologisch zeer rijk gebied met tal van restanten van vaak bombastische grafmonumenten. Het doel van "Mapping the Via Appia" is om te reconstrueren hoe de verschillende structuren er in het verleden uit hebben gezien en hoe het aanblik van de weg in de loop van de tijd is veranderd. Een van de grootste uitdagingen binnen het project is om van al deze verspreide brokstukken en ruines - ongeveer drieduizend in totaal - betrouwbare reconstructies te maken. De archeologen verzamelen hiervoor allerlei gedetailleerde informatie zoals het type steen, de datering, decoratie en mogelijke inscripties. Al deze informatie is opgeslagen in een database en nu te bevragen in een virtuele 3D-omgeving: het GIS. Met het GIS hebben de archeologen nu een analyse-tool waarmee ze ruimtelijke vragen kunnen stellen op een manier die eerder niet mogelijk was. Voor het inmeten van het studiegebied in 3D is de hulp ingeschakeld van Fugro GeoServices. Met Fugro's DRIVE-MAP-systeem is het onderzoeksgebied in minder dan een uur met een extreme nauwkeurigheid als 3D-puntenwolk geregistreerd. Omdat het DRIVE-MAP-systeem naast een panoramacamera, hoge resolutiecamera's en laserscanners een GNNS-ontvanger met precieze standsbepalingsensor heeft, is de 3D-puntenwolk eenvoudig te relateren aan het aardoppervlak. De DRIVE-MAP-dataset is vervolgens aangevuld met 3D-modellen gegenereerd door de range-image-techniek Structure-from-Motion (SfM). Simpel gezegd genereert deze techniek 3D-objecten op basis van patronen in foto's.
Onderzoek zwaartekrachtsgolven leidt tot commerciele toepassingen ⇒
Terwijl de betrokken wetenschappers en de wereldwijde collaboratie van zwaartekrachtsgolvenonderzoek waartoe zij behoren nog bijkomen van de monumentale ontdekking van 11 februari, is 1 ding zeker: deze detectie is nog maar het begin van een heel nieuw vakgebied binnen de astronomie en een tool om het universum en haar inhoud beter te begrijpen. Hoewel de ontdekking van fundamentele aard is, leidt de technologie tot concrete applicaties die nu al in gebruik worden genomen. Innoseis, een spin-off bedrijf van Nikhef, heeft een baanbrekende commerciele toepassing ontwikkeld om minuscule seismische trillingen waar te nemen. Innoseis wordt gezien als een uitstekend voorbeeld van hoe fundamenteel natuurkundig onderzoek kan leiden tot commerciele toepassingen en industriele samenwerking om oplossingen te vinden voor hedendaagse problemen. De ontwikkelde technologie stamt af van het onderzoek naar zwaartekrachtsgolven dat plaats vond op Nikhef, het Nationaal instituut voor subatomaire fysica. Innoseis co-founder prof. Jo van den Brand wordt veel geciteerd in de media vanwege zijn aanzienlijke bijdragen in dit vakgebied. Daarnaast heeft hij ook de prestigieuze FOM valorisatie prijs gewonnen voor zijn inzet om fundamentele kennis tot in de praktijk toe te passen.
MinE project doet aan totale genoom sequencing met gebruik van HPC clusters om middel tegen ALS te vinden ⇒
Tijdens het SURFsara Super D Event van afgelopen december in Felix Meritis te Amsterdam, hadden we een gesprek met Jan Veldink, neuroloog en professor in neurogenetica aan het Universitair Medisch Centrum (UMC) in Utrecht over de ziekte van Lou Gherig, beter gekend als ALS. Jan Veldink coordineert het MinE project, een groot genoom sequencing project voor ALS. ALS is een ernstige ziekte die in een tijdspanne van 3 tot 5 jaar dodelijk kan aflopen en die vooral voorkomt bij mensen van over de zestig. Jongere mensen kunnen er echter ook het slachtoffer van worden. Momenteel bestaat er geen remedie. Onderzoekers hebben daarom dringend nood aan meer inzicht in de oorzaken om hopelijk nieuwe behandelingen te vinden.
Instellingen praten over netwerktrends tijdens drukbezocht Netwerkcafe ⇒
Waaraan werken instellingen op netwerkgebied? En hoe sluiten nieuwe diensten van SURFnet hierop aan? En welke wensen hebben instellingen nog meer? Dit stond centraal tijdens het drukbezochte Netwerkcafe op 28 januari 2016. Robert Vos van het Deltion College vertelde over het implementeren van Software Defined Networking (SDN) in hun netwerk. Deltion loopt hiermee voorop, en uit de reacties uit de zaal bleek dat het voor de meeste instellingen ook gaat spelen in de komende jaren, met name als het om datacenters gaat. Paula de Nie van de Universiteit Leiden stelde bijvoorbeeld: "Wij zijn bezig met een nieuw datacenter en daarbij kunnen we eigenlijk niet om SDN heen. We kijken wel of we klein kunnen beginnen, als pilot, bijvoorbeeld met onderzoekers." Een ander onderwerp dat reacties opriep, zijn maatwerkvoorzieningen voor onderzoekers. Gerard Verwoolde van de Hogeschool Utrecht, stelde: "Onderzoekers blijken alles te gebruiken wat God verboden heeft. Daarom hebben we SURFnet gevraagd ons te helpen met het in kaart brengen van ICT-wensen van onderzoekers. En hoe we daar in onze standaardomgeving voor eindgebruikers beter op kunnen inspelen." Ook voor andere instellingen speelt dit. Zo vertelde Rob Cornelisse van LUMC over hun Research LAN: Met behulp van het SURFnet E-LAN kunnen onderzoekers directe, snelle netwerkverbindingen tussen verschillende onderzoeksinstellingen realiseren. Zo kunnen wetenschappers makkelijk en veilig gegevens delen. De onderzoekers beschikken daarnaast over rekenkracht, omdat SURFsara ook aangesloten is.
Verdere uitbreiding nationale Bull supercomputer in 2016 ⇒
SURFsara breidt in de tweede helft van 2016 de capaciteit van de nationale supercomputer Cartesius uit. Het contract met leverancier Atos is in december getekend. De modellen waarmee onderzoekers werken, worden steeds complexer en de datasets groter, waardoor zij meer rekencapaciteit nodig hebben. De Bull supercomputer van SURFsara wordt gebruikt voor wetenschappelijk onderzoek door universiteiten, onderzoeksinstituten en in beperkte maar toenemende mate door het bedrijfsleven. Cartesius wordt onder andere ingezet voor klimaatonderzoek, watermanagement, verbeteren van medische behandelingen, onderzoek naar schone energie, beperken van geluidshinder en product- en procesoptimalisatie. Cartesius wordt uitgerust met de nieuwe sequana-technologie van Bull. Daarnaast zal de supercomputer de laatste Intel-processors (Broadwell) krijgen, en EDR InfiniBand. De snelheid van de computer wordt hiermee uitgebreid met 260 Tflops/s tot in totaal 1,8 Pflops/s. Het voordeel van dit nieuwe type nodes is dat het systeem hiermee toekomstbestendig is en kan worden uitgebreid met de laatste technologie op het gebied van processors, accelerators en interconnect.
Training introduceert postgraduaat studenten van domeindisciplines tot gegevensintensief onderzoek ⇒
Tussen 25 en 29 januari 2016 vond in Utrecht de eerste editie plaats van de "Essential Skills in Data-Intensive Research" workshop. Deze training is een gezamenlijke inspanning van het eScience Center, SURFsara, het Dutch Techcenter for Life Science (DTL), de Vrije Universiteit Amsterdam en de Software en Data Carpentry Stichting. De training is voornamelijk gericht op prille onderzoekers en PhD studenten maar kan ook zeer relevant zijn voor een wetenschapper in een meergevorderd stadium van zijn/haar carriere. De vijfdaagse workshop met inbegrip van hands-on en theoretische componenten, is ontworpen om postgraduaat studenten van domeindisciplines kennis te laten maken met het gebruik van gegevensgerichte en veel rekenkracht vereisende benaderingen en de potentiele toepassingen van e-infrastructuur. De cursus die direct volliep, trok zo'n 30 deelnemers aan vanuit heel Nederland - Groningen, Wageningen, Twente, Amsterdam, Leiden en Utrecht - en vanuit verschillende gebieden - life science, klimaatonderzoek en natuurkunde. De cursus werd gegeven in de uitstekend ingerichte faciliteiten van SURFacademy in de kantoren van SURF in Hoog Overborch, Utrecht.
CWI spin-off MonetDB Solutions bouwt mee aan het ExaNeSt platform ⇒
In een nieuw Europees project helpt MonetDB Solutions mee aan het opbouwen van ExaNeSt, een platform van de toekomstige generatie dat bestaat uit 10 miljoen goedkope ARM processoren met lage energie. De taak van de CWI spin-off is om het platform te evalueren aan de hand van extreme rekenkracht vergende toepassingen in het analyseren van big data. Het complete prototype zal vermoedelijk klaar zijn in 2018. Het ExaNeSt consortium bestaat uit 12 partners die gesubsidieerd worden via het Horizon2020 initiatief van de Europese Commissie. Elke partner afzonderlijk heeft expertise in een sleuteltechnologie die nodig is voor de innovatie om exascale rekenkracht te bereiken. Zo brengt MonetDB Solutions de kennis aan van meer dan 30 jaar onderzoek naar databases en industriele praktijken, aldus Martin Kersten, de co-stichter en CEO van MonetDB Solutions. Via het open source zuilvormige database systeem MonetDB, wil MonetDB Solutions de toepasbaarheid aantonen van het ExaNeSt platform voor een brede waaier aan toepassingen van Business Intelligence en Big Data die extreme rekenkracht vereisen.
Kandidaturen ingewacht voor de Nederlandse Dataprijs ⇒
Ook dit jaar wordt de Nederlandse Dataprijs uitgereikt door Research Data Netherlands, een samenwerking tussen 3TU.Datacentrum, DANS en SURFsara. Deze prijs gaat naar een onderzoeker of onderzoeksgroep die extra bijdraagt aan de wetenschap door onderzoeksdata beschikbaar te maken voor aanvullend of nieuw onderzoek. Bent of kent u zo'n onderzoeker met een goed voorbeeld van gedeelde data? U kunt uzelf of een ander binnenkort via de website van Research Data Netherlands nomineren. Dit jaar worden prijzen uitgereikt in drie categorieen: 1) humaniora en sociale wetenschappen, 2) exacte en technische wetenschappen en 3) medische en levenswetenschappen. De winnaars ontvangen een beeld en 5.000 euro om de dataset toegankelijk(er) te maken, bijvoorbeeld door een symposium te organiseren of de data online te ontsluiten. De prijsuitreiking is op 9 november bij NWO in Den Haag. Aanmelden kan binnenkort online.
Sneller toegang tot grote rekensystemen ⇒
Steeds meer instellingen kiezen ervoor om onderzoekers direct toegang te geven tot de nationale rekensystemen LISA en Cartesius. Naast de UvA en de VU bieden nu ook de EUR, TU Delft en Tilburg University hun onderzoekers toegang tot deze grote computersystemen via rekenbundels op SURFsara's Research Capacity Computing Service (RCCS). Voor onderzoekers is het nu nog gemakkelijker om te rekenen op het LISA Rekencluster en de nationale supercomputer Cartesius van SURFsara. Waar zij voorheen alleen toegang konden krijgen via een NWO-aanvraag, is het nu mogelijk om deze rekenkracht aan te vragen via de centrale ICT-afdeling van de instelling. Inmiddels hebben 5 universiteiten een RCCS-contract afgesloten. Hiermee bevordert de universiteit het gebruik van de meest geavanceerde nationale high performance computing (HPC)-diensten en kunnen onderzoekers snel aan de slag. De vraag naar rekenkracht in onderzoek is aanzienlijk door een groeiende hoeveelheid data waarvoor analyses nodig zijn, en door toenemende mogelijkheden voor simulaties. Afhankelijk van de hoeveelheid data en de benodigde rekenkracht kunnen onderzoekers kiezen voor het LISA Rekencluster of het super capability systeem Cartesius. Om onderzoekers op weg te helpen met de systemen, geeft SURFsara trainingen en cursussen op locatie. De meeste onderzoekers zijn gewend om te werken op Windows of Mac operating systemen. Een introductie in Unix en in het gebruik van clusters is de eerste stap naar het opschalen van het rekenwerk op de eigen laptop of het plaatselijke (kleine) cluster.
Volledig geintegreerde tomografie met nieuwe generatie van algoritmes en hoog presterende scanners en GPU clusters ligt in het verschiet ⇒
Tijdens het SURFsara Super D Event van afgelopen december in Felix Meritis te Amsterdam, spraken we met Joost Batenburg van het Centrum Wiskunde & Informatica - CWI over tomografie. Joost Batenburg is een onderzoeker bij het CWI in Amsterdam en een part-time professor aan het Wiskundig Instituut van de Universiteit van Leiden. Zijn onderzoeksgebied is tomografie, een vorm van beeldreconstructie vanuit projecties. Het meest gekende voorbeeld van tomografie is een medische CT scanner waar X-ray beelden worden opgenomen vanuit een groot aantal verschillende hoeken rond de patient. De techniek bestaat eruit om als input de reeks X-ray beelden te nemen en daaruit een beeld te berekenen van hoe de patient er van binnen uitziet. Men kan deze techniek niet alleeen voor medische beeldverwerking gebruiken maar ook om binnen nanostructuren te kijken van beelden met gebruik van een elektronenmiscroscoop, voor niet-destructieve tests, om een reeks van industriele objecten te bekijken, en voor een brede waaier van andere toepassingen.
Tata Steel opent vestiging Amsterdam Science Park ⇒
Burgemeester Van der Laan van Amsterdam opende op 29 januari 2016 een vestiging van Tata Steel op het Amsterdam Science Park. Tata Steel zet in op het creeren van staal met een hogere toegevoegde waarde voor zijn klanten door het inzetten van kunstmatige intelligentie ('artificial intelligence'). Op het Amsterdam Science Park gaan onderzoekers van Tata Steel samenwerken met innovatieve, hightech start-ups om via digitale innovaties als kunstmatige intelligentie nieuwe technieken te ontwikkelen en implementeren om nog hogere kwaliteiten staal te kunnen maken. Inmiddels is een project gestart met het aldaar gevestigde bedrijf Scyfer - een spin-off van de Universiteit van Amsterdam, gericht op het verbeteren van inspectietechnieken voor de oppervlaktekwaliteit van staal.
Jobcorner
MdS/IDRIS in Frankrijk zoekt wetenschappelijk programmeur ⇒
Het Maison de la Simulation (MdS) en het Institut du Developpement et des Ressources en Informatique Scientifique (IDRIS) werven een wetenschappelijk programmeur aan voor 2 jaar om te werken bij IDRIS in Orsay. Deze positie hangt samen met het EINFRA-5 E-CAM Centre of Excellence zoals beschreven in het E-CAM subsidie-akkoord no. 676531 met inbegrip van de bijlagen, en specifiek met de rol van de CNRS partner en van de FR-IDF CECAM Node die erin beschreven staat. De onderzoeker zal rapporteren aan de wetenschappelijke hoofdcontactpersoon bij MdS/IDRIS, in samenwerking met de E-CAM software manager in Juelich. De succesvolle kandidaat krijgt de gelegenheid om te werken aan wetenschappelijke en industriele problemen in een omgeving die individueel initiatief en actieve professionele ontwikkeling stimuleert en die overeenkomt met de standaarden van het Europees Charter voor Onderzoekers.
eScience zoekt Science-policy Officer ⇒
Het eScience Center werft een Science-policy Officer aan. In samenwerking met het management team, zal de Science-policy Officer de missie, visie en strategie ontwikkelen en evalueren en waken over het in praktijk brengen hiervan. De succesvolle kandidaat zal betrokken worden bij het ontwikkelen en ontwerpen van de jaarlijkse plannen en de uitvoering hiervan evalueren gebaseerd op de strategie. Tevens zal hij/zij nieuwe richtingen verkennen van gegevensgericht en rekenkrachtintensief onderzoek en de toepassingen ervan in verschillende wetenschappelijke domeinen. Dit gebeurt door interactie met onderzoekers in verschillende wetenschappelijke domeinen zoals de e-Integrators, met relevante partnerinstituten zoals NWO en met e-infrastructuur partners zoals SURF. De Science-policy Officer volgt nationale en internationale wetenschappelijke onderzoeksontwikkelingen en beleidsrichtingen op. Hij/zij adviseert het management team over toekomstige wegen en strategische samenwerkingen. U kunt solliciteren voor deze vacature tot en met 21 februari 2016.
Johannes-Gutenberg Universiteit Mainz zoekt PhD student of postdoctoraatsonderzoeker voor de HPC groep ⇒
Het Instituut voor Computerwetenschappen aan de Johannes-Gutenberg Universiteit Mainz heeft een vacature voor een postdoctoraatsonderzoeker in de groep van Professor Bertil Schmidt. De succesvolle kandidaat zal meewerken aan het ontwerpen en uitvoeren van parallelle algoritmes voor verschillende architecturen zoals CUDA-gebaseerde GPUs en CPU clusters en dit voor wetenschappelijke toepassingen zoals bioinformatica, computationele natuurkunde en big data. De kandidaat zal nauw samenwerken met andere projectpartners, wetenschappelijke papers schrijven en tutorials geven. Startdatum is voorzien midden 2016.








© Nieuwsbrief