15 februari 2007Sluit venster
SARA bouwt Life Science Grid
Amsterdam - Voor wetenschappers uit de Life Sciences is het van belang om te kunnen beschikken over geavanceerde HPC-faciliteiten. In opdracht van NCF en NBIC plaatst SARA daarom bij universiteiten die hierin geïnteresseerd zijn een krachtig computercluster dat gebruikt kan worden voor experimenten. SARA en de user community verzorgen de ondersteuning. Op dit moment zijn de eerste clusters uitgeleverd, die al intensief gebruikt worden.

In wetenschappelijke disciplines zoals hoge-energiefysica en kwantumchemie behoren High Performance Computing (HPC) systemen tot het basisgereedschap. In andere wetenschapsgebieden, zoals de levenswetenschappen (Life Sciences) is dit nog niet het geval. Ook hier kan HPC echter van grote betekenis zijn.

Voor niet-ingewijden heeft HPC, en Grid-technologie in het bijzonder, vaak een hoogdrempelig karakter. Met het project Life Science Grid wil SARA de afstand overbruggen tussen de Life Sciences en de HPC-infrastructuur. Hiertoe worden op verschillende plaatsen in Nederland - waaronder AMC, LUMC, NKI, RU, WUR - computerclusters geplaatst. Deze clusters beheert SARA op afstand. Dit betekent dat de gebruikers zich volledig richten op hun onderzoek.

De eerste operationele clusters staan in Amsterdam, Nijmegen en Wageningen en zijn verbonden met het snelle netwerk van SURFnet. Elk cluster is lokaal op de 'traditionele' manier te gebruiken en biedt als zodanig al aanzienlijke reken- en opslagcapaciteit. De ware kracht van het Life Science Grid is echter dat de verschillende clusters tesamen een Computing and Storage Grid, een virtueel supercluster, vormen. Programma's die lokaal op het cluster draaien, kunnen ook gedistribueerd over het gehele Grid worden uitgevoerd.

SARA plaatst bij de deelnemers op locatie computerclusters die deel uitmaken van het Life Science Grid. Op die manier sluit het cluster nauw aan bij de lokale ICT-infrastructuur en de aanwezige meetapparatuur. Deelnemers hebben de mogelijkheid om data te delen, maar kunnen die ook afschermen en binnen de eigen muren houden. De deelnemende universiteiten moeten zelf alleen zorgen voor 1 m2 vloeroppervlak, 2 kW elektrisch vermogen en een snelle netwerkaansluiting.

Op hun lokale cluster hebben de deelnemers bijzondere rechten. Men kan bijvoorbeeld inloggen op het eigen cluster, wat in sommige gevallen het debuggen van (al dan niet zelf gebouwde) applicaties aanzienlijk vereenvoudigt.

Binnenkort zullen gebruikers van het Life Science Grid beschikken over een interactieve portal met documentatie. Hier kan onderling informatie en expertise worden uitgewisseld, bijvoorbeeld via een forum of een wiki-omgeving.

Grid-technologie is nog volop in beweging. Er zijn op dit moment talrijke initiatieven op lokaal en (inter)nationaal niveau. Het BioAssist-programma van NBIC, bijvoorbeeld, zal op het Life Science Grid ondersteuning bieden aan gebruikers. SARA brengt in dit programma expertise in op het gebied van visualisatie, applicaties, Grid-technologie en dataopslag.

De huidige situatie vertoont overeenkomsten met de beginperiode van internet, waarbij eilandjes van plaatselijke netwerkinfrastructuren aan elkaar werden gekoppeld. Dit verklaart de nadruk op samenwerking, standaardisatie en integratie in de lopende programma's. Het BigGrid-project, een nationale op Grid gebaseerde e-Science infrastructuur, is daarvan een goed voorbeeld.

http://www.sara.nl
Sluit venster