03 december 2013Sluit venster
SURFsara en SURFnet vereenvoudigen toegang tot GoNL data
Amsterdam - Het Genoom van Nederland (GoNL) project, een deel van de Biobanking en Biomoleculaire onderzoeksinfrastructuur (BBMRI-NL), werd opgestart om genetische variatie in Nederland in kaart te brengen door sequencing van het genoom van 250 echtparen en hun nakomelingen. Het project is uniek in zijn ontwerp, omdat het gebruik maakt van informatie van zowel de ouders als hun nakomelingen om genetische variaties te onderscheiden. Gegevens verzameld van biobanken in Amsterdam, Rotterdam, Groningen en Leiden geven gedetailleerde informatie over de genetische variatie in de Nederlandse autochtone bevolking. Dit biedt unieke mogelijkheden voor wetenschappelijk onderzoek en ontwikkeling van therapeutische strategieen. Veel wetenschappers in heel Nederland maken gebruik van deze gegevens voor hun specifieke onderzoeksvragen. Maar hoe kun je 750+ bestanden met meer dan 100 TB aan data delen en gebruiken op een efficiente en schaalbare wijze vanaf meerdere locaties? Dit is waar SURFsara en SURFnet een belangrijke rol spelen.

In dit specifieke geval wil de groep van Paul de Bakker van het UMC Utrecht subsets van de GoNL gegevens analyseren bij het lokale high-performance computing ( HPC ) cluster. Na het eerste overleg met mensen uit SURFsara en SURFnet, werd de volgende aanpak ondernomen. Ten eerste moeten de gegevens worden gesynchroniseerd tussen UMC Groningen en de Grid opslag bij SURFsara. Deze synchronisatie is uitgevoerd met de bestaande 10 Gbit /s lichtpad verbinding tussen LOFAR in Groningen en SURFsara Amsterdam, waarbij een snelle en betrouwbare overdracht van ca. 60 TB aan data. De gegevens moesten vervolgens worden opgesplitst in kleinere stukjes, zodat subsets gemakkelijker kunnen worden gedownloaded en gebruikt worden bij het lokale HPC cluster. Deze laatste stap is momenteel in volle gang.

Voor dit project is de steun van SURFsara en SURFnet van cruciaal belang, zowel in termen van het verstrekken van middelen (opslag , snelle verbindingen en computerkracht), alsmede het verstrekken van gespecialiseerde kennis over het ontwerp en de implementatie van de oplossing.
http://www.nlgenome.nl/
Sluit venster